植物保护学院最早追溯到1905年钦批筹办的京师大学堂农科大学农学门，设置病理学相关课程，并于1909年招生，后依次发展为北京大学校农科大学农学门和农业专门学校农学科。1923，北京农业专门学校改为国立北京农业大学，并设置了病虫害系，1928年并入国立北平大学农学院并改为农业生物系。1937-1945年抗战期间，学院先后西迁、南移到达汉中，并与西北农林专科学校合并成立西北农学院。战后北京大学重建农学院，设置植物病理学系和昆虫学系。与此同时，清华大学农业研究所于1934年成立，并设置了昆虫学组和植物病理学组，后发展为清华大学农学院昆虫系和植物病理系。

      1949年，北京大学农学院、清华大学农学院、华北大学农学院合并成立北京农业大学并设置了植物病理学研究所、昆虫学研究所来培养研究生，设置了植物病理学系、昆虫学系来培养本科生。植物病理学系由三校的植病系合并而成，教师阵容十分强大，图书资料和仪器设备都较为丰富齐全。昆虫学系由三校昆虫系合并而成，是当时全国唯一的昆虫学系，图书杂志丰富，仪器种类齐全，昆虫标本繁多。1952年，随着全国性的高等学校院系调整，植物病理学系与昆虫学系合为植物保护系。

      1959年，学校进行系和专业调整，调整为植物保护与农业微生物系，设农业昆虫、植物病理、农业微生物专业。1960年，又增加了农药专业，并将农业微生物专业转移到它系。1963年，植保系又发展了植物线虫、昆虫毒理、病虫预测预报、植物检疫专业。1983年，随着学校教学恢复、院系调整，植物病理系、农业昆虫系和农药系与其他8个系共同成立为农学院。1986年学校进行机构改革和院系调整，设植物保护系（植物病理专业、农业昆虫专业）。1995年学校将植物保护系和农学系、园艺系合并为植物科技学院，按照植物病理专业、农业昆虫专业等专业招生培养。1999年，学校又将植物保护系调整为植物保护学院，按照植物保护专业招生，具体按照植物病理学、昆虫学、植保与植物检疫专业方向进行培养。2002年，学校大规模进行院系调整，将作物学院、植物保护学院和园艺学院合并为农学与生物技术学院，设有植物病理学系、昆虫学系等7个教学机构。按照植物保护专业招生与培养。2015年10月10日，为保证教育教学和科研质量，考虑学科全面发展，农学与生物技术学院拆分为农学院，园艺学院，植物保护学院，植物保护学院设植物病理学系、昆虫系。